Windows 用の 10 の無料 SDF ファイル ビューアー ソフトウェアのリストです。 SDF は構造データ ファイルであり、空間データ ファイル (AutoDesk) と間違わないでください。分子 SDF ファイルには、その構造配置、原子、残基、結合の接続性などに関するデータが含まれています。 SDF ビューアをお探しの場合は、このリストをご覧ください。各ソフトウェアの主な機能と簡単な説明を見つけることができます。これにより、ニーズに最適なソフトウェアを簡単に選択できます。
これらのソフトウェアのほとんどは、クロスプラットフォームで利用できるオープンソースです。 10 種類すべてのソフトウェアで、SDF ファイルを簡単に開き、分子構造データを視覚化できます。 2 次元の視覚化を提供するソフトウェアもあれば、3 次元の視覚化を提供するソフトウェアもあります。複数の分子を開いて構造を分析し、構造エラーを見つけることができます。分子の軌道面と密度面を視覚化することもできます。
一部のソフトウェアには、さらに多くの機能が詰め込まれていますSDF ビューアとは別のものです。他の計算化学プログラムから、さまざまな種類のファイルやデータ ファイルを開くことができます。最後になりましたが、ビジュアライゼーションを PDF、PNG、JPG、POV-ray、WRL、OBJ などのさまざまな形式にエクスポートできます。
お気に入りの SDF ビューア
Jmol は私のお気に入りの SDF ファイル ビューアです。これはオープンソースであり、Windows、macOS、および Linux で利用できます。このソフトウェアには、分子の 2D および 3D 構造を視覚化できる操作が簡単なインターフェイスがあります。さまざまな量子化学ソフトウェア データ ファイルのサポートを含む、60 以上のファイル形式を視覚化できます。最後になりましたが、ビジュアライゼーションを JPG、GIF、PDF、POV-ray などのさまざまな形式にエクスポートできます。
Jmol
Jmol は、オープンソースの分子ビューア プログラムです。 3D 化学構造を視覚化できます。このプログラムは f で実行できますさまざまなモード: スタンドアロン Java プログラム、HTML-5 Web アプリケーション、Java アプレット、および「ヘッドレス」サーバー側コンポーネント。このプログラムは、さまざまな種類のファイルを読み取ることができ、QuantumEspresso、Gaussian、MOPAC、GAMESS、CASTEP、CRYSTAL、VMD、および他の多くの一般的なプログラムからの出力を開くこともできます。
主な機能:
- 4 つの異なるモードで実行
- 多言語サポート
- 分子と材料の構造を表示
- PDB、PyMOL、SDF、MOL、CIF、SDF、MOL、PSE など、60 以上のファイル形式をサポート
- さまざまな量子化学ソフトウェアのファイル タイプをサポート
- 複数のファイルを開いて比較する
- 完全な結晶学的対称機能
- PDF、GIF、PNG、JPG、WRL、POV-Ray、OBJ 形式へのエクスポート
- カスタマイズ可能なユーザー インターフェースなど
IQmol
IQmol は、無料のオープンソースの分子エディターおよびビジュアライザー プログラムです。このプログラムは、SDF やその他の多くのファイル タイプを簡単に開くことができます。アニメーション付きの軌道面と密度面も生成できる分子エディターが付属しています。 IQmol は、Q-Chem 量子化学パッケージと統合されています。これにより、Q-Chem 計算を設定、実行、分析するための直感的な環境がユーザーに提供されます。
主な機能:
- オープンソースとクロスプラットフォーム
- 多言語サポート
- 分子と物質の構造を描画して表示する
- m が統合されたフリーフォーム ビルダー分子力学
- さまざまな計算化学ファイル形式をサポート
- 階層モデル ビュー
- 分子軌道と密度の可視化
- チューブ、ワイヤーフレーム、VDW、CPK を含む 4 つのモデル ビュー
- OpenBabel ライブラリのサポート
- 分子アニメーションの動画ファイルを生成
- スペクトルと POV-ray の Export to Export
アボガドロ
アボガドロ は、もう 1 つの無料のクロスプラットフォーム分子エディターおよびビジュアライザー プログラムです。 Windows、macOS、および Linux で使用できます。このプログラムは、計算化学、分子モデリング、バイオインフォマティクス、材料科学、および関連分野で使用されます。 Avogadro は、高品質のレンダリングで SDF ファイルを簡単に開くことができます。
主な機能:
- オープンソースとクロスプラットフォーム
- 多言語サポート
- 分子と物質の構造を描く
- さまざまな計算化学ファイル形式をサポート
- 化学ファイルのオープン Babel インポート
- 複数の計算化学パッケージの入力生成
- 追加機能の拡張機能
モレケル
Molekel は、SDF ファイルを表示できる無料の分子可視化プログラムです。これは、Windows、macOS、および Linux で利用できるオープンソース プログラムです。さまざまな方法を使用して分子構造をすばやくレンダリングし、軌道面、SAS 面、SES 面、ファン デル ワールス面、密度行列からの Iso 面、ガウス キューブ グリッド データからの Iso 面を視覚化します。
主な機能:
- オープンソースとクロスプラットフォーム
- 多言語サポート
- 分子と材料の構造を視覚化する
- さまざまな計算化学ファイル形式をサポート
- 分子表面のアニメーション
- 振動モードのアニメーション
- プログラム可能なシェーダー
- 高解像度画像、PDF、PostScript、およびアニメーションへのエクスポート
Swiss-PdbViewer
Swiss-PdbViewer は、SDF ファイルを視覚化できる無料のクロスプラットフォーム プログラムです。 DeepView とも呼ばれます。このプログラムは、複数のタンパク質を同時に表示および分析できます。分子を重ね合わせて、それらの構造アラインメントを比較および推定できます。それはcomできますモデルのエラーを見つけたり、表面や静電ポテンシャルを計算したり、電子密度マップを調べたりするためにモデルをパージングします。
主な機能:
- クロスプラットフォーム
- 多言語サポート
- 分子と材料の構造を視覚化する
- さまざまな計算化学ファイル形式をサポート
- 原子または空洞による表面の色付け
- POV-ray にエクスポート
- ウェブ サーバーとの広範な統合
Molegro Molecular Viewer
Molegro Molecular Viewer は、分子を視覚化するためのフリー ソフトウェアです。es と Molegro Virtual Docker の結果。このソフトウェアは、Windows でのみ使用できます。分子を自動的に準備し、分子の表面と骨格を視覚化できます。分子を切り取り、平面を切り取ることができます。このソフトウェアは、Molegro Virtual Docker MVDML ファイルをサポートし、タンパク質構造を整列させます。
主な機能:
- 分子構造と材料構造の表示と共有
- 多言語サポート
- PDB、SDF、Mol2 などの一般的な分子ファイル形式をインポートおよびエクスポートします。
- Molegro Virtual Docker MVDML ファイルをサポート
- 高品質の画像を実現する組み込みのレイトレーサー
- ラベル、シーケンス ビューア
- 生体分子ジェネレーター
- KNIME ワークフローのサポート
CueMol
CueMol は、SDF ファイルを表示するためのもう 1 つのクロスプラットフォーム プログラムです。このプログラムは、Windows だけでなく macOS と Linux でも利用できます。高分子構造の可視化に適しており、分子構造を作成することもできます。 CueMol は、分子座標 (PDB 形式)、MSMS 表面データ、APBS 静電ポテンシャル マップ (OpenDX 形式)、および電子密度 (CCP4、CNS、および MTZ 形式) を簡単に開くことができます。
主な機能:
- クロスプラットフォーム
- タブベースの分子ビュー
- エッジ レンダリングで分子を可視化
- 多分子シーンのサポート
- PDB、MSMS、OpenDX、X-PLOR/CNS、MAP など、さまざまな形式をサポート
- シーンを XML 形式で保存および復元
- カメラの動きと構造のモーフィングをアニメーション化
- 輸出先POV-ray とムービー作成
iMol
iMol は、もう 1 つの無料のオープンソース分子可視化プログラムです。 Windows と Linux で使用できます。 MDL MOL 形式を含む一般的な計算化学構造データ ファイル形式を視覚化できます。複数のレンダリング スタイルで同時に複数の分子構造を開くことができ、分子動力学の軌跡と分子動力学の軌跡、残基、および原子をアニメーション化することもできます。
主な機能:
- オープンソース
- 多言語サポート
- molec の階層図ルール
- ステレオ レンダリング
- 分子原子、ダイナミクスの軌跡をアニメーション化
- 表面とバックボーンのカラーリング
- POV-ray にエクスポート
BALLView
BALLView は、BALL Project が提供するスタンドアロン プログラムです。このプログラムは、簡単な分子モデリングと可視化のために設計されています。原子、結合、および表面を簡単に視覚化できます。さらに、静電ポテンシャルなどのグリッドベースの視覚化もサポートしています。複数の分子を同時に開くことができます。
主な機能:
- 多言語サポートまたは
- 分子と材料の構造を視覚化する
- 一般的な計算化学ファイル形式をサポート
- スペース ナビゲーターによるさまざまなステレオ モード
- VRPN 対応の入力デバイス
SDFReader
SDFReader は、構造データ ファイルを表示する無料のプログラムです。これは、Windows および Linux で使用できるオープンソース プログラムです。最小限のインターフェースを備えたシンプルなプログラムです。ユーザーは、SDF ファイルを直接開いて視覚化できます。このプログラムは、SDF ファイルに保存されている追加データとともに分子の構造を表示します。
主な機能:
- オープンソース
- 多言語サポート
- 分子と材料の構造を表示
- sqlite3 データベース形式でデータを保存