最高の無料オンライン 3D タンパク質構造ビューア ウェブサイトのリストです。任意のオンライン分子構造ビューアを使用して、タンパク質の 3D 構造を表示できます。オンラインの分子ビューアは、分子データ ファイルを入力として受け取り、データに基づいて構造をレンダリングします。 PDB、mmCIF、MRC、BRIX、CUB など、さまざまなファイル タイプに対して同じことができます。
この投稿では、タンパク質の 3D 構造を表示するために使用できる 6 つの無料のオンライン分子構造ビューアについて説明します。これらのビューアはすべて、さまざまな分子データ ファイルをサポートし、それぞれの構造を 3D でレンダリングします。構造はインタラクティブで、好きなように回転、ズーム、パン、クリップできます。これらのビューアには、構造を詳細に分析できる機能も含まれています。これには、オプションの分子表示と色のオプション、およびその他のユーザーベースのカスタマイズが含まれます。これらの詳細を確認するには、リストを参照することをお勧めします。
私のお気に入りの 3D タンパク質構造 Vi水
Mol* Viewer は、このリストで私のお気に入りの 3D タンパク質構造ビューアーです。このビューアには、分子の外観、カスタマイズ、測定、分析、およびエクスポートに至るまで、さまざまなオプションが含まれています。
Molstar.org (Mol* ビューア)
Mol* Viewer は、最高の無料オンライン分子構造ビューアの 1 つです。これは、大規模な分子データの視覚化と分析のための最新の Web ベースのオープンソース ツールキットです。任意の分子構造ファイルをアップロードして操作できます。実際、複数のファイルを同じプレーンで開いて、それらをまとめて表示できます。ビューアは完全にインタラクティブで、構造を回転、パン、ズーム、およびクリップできます。 7 つのアニメーション オプションで構造をアニメーション化することもできます。このビューアには、構造のコンポーネントのツリー ビューが表示されます。これにより、構造内を簡単にナビゲートできます。異なるセクションを分析します。スタイルをカスタマイズしてモデルを更新できるすべてのコンポーネントのビューをカスタマイズするオプションがあります。コンポーネントを自由に非表示/非表示にすることもできます。
専用のコンポーネントと測定セクションがあります。どちらのセクションにも、コンポーネントを更新して新しい測定値を追加するオプションを含むそれぞれのエンティアーがリストされています。最後になりましたが、いくつかのエクスポート オプションがパックされています。構造のモデルとジオメトリを対応するファイル形式にエクスポートできます。また、構造をアニメーション化することを選択した場合は、そのアニメーションを MP4 ビデオ ファイルとしてエクスポートすることもできます。
Mol* Viewer で 3D タンパク質構造を開く方法
- 以下のリンクを使用して Mol* Viewer を開きます。
- 画面の左上隅から ホーム セクションをクリックして展開します。
- [ファイルを開く] オプションをクリックし、[ファイルを選択…] を選択します
- 開きたい分子構造ファイルを選択し、適用ボタン。
- ビューアでファイルが開き、3D 構造を操作できます。
ハイライト:
- インタラクティブ ビューア: 3D 構造の回転、パン、ズーム、フォーカス ズーム、クリップが可能です。
- ツリー ビュー: さまざまなタイプのコンポーネントをツリー ビューで整理します。
- Activity Logger: 構造とのすべてのやり取りをタイムスタンプ付きで記録します。
- ビューのカスタマイズ: 分子モデルを更新し、 3D 表現、バウンディング ボックス、コンフォーメーションの変換などのさまざまなアクションを適用するオプションを備えた複数のビジュアル スタイルを提供します。
- スナップショット: 構造の現在の状態のワンクリック スクリーンショット オプション。
- カメラ モード: パース ビューと正投影ビューを切り替えます。
- コンポーネント: 構造内のさまざまなタイプのコンポーネントを表示/追加します。
- 測定要素: 構造内のさまざまなコンポーネントの測定パラメータを表示/追加します。
- アニメーション オプション: 軌跡、カメラ スピン、カメラ ロック、状態スナップショット、アセンブリの巻き戻し、スピン構造をアニメーション化します。
- エクスポート オプション: モデルのエクスポート (mmCIF)、ジオメトリのエクスポート (glb、stl、obj、usdz)、アニメーションのエクスポート >(MP4).
RCSB.com (3D ビュー)
RCSB の 3D ビューは、タンパク質の 3D 構造を表示するために使用できる無料の分子ビューアです。ティs の分子ビューアーは、カバーされている Mol* ビューアーと非常によく似ています。そのビューアでできるほとんどすべてのことを実行します。複数の分子ファイルをまとめて開くことができ、構造を操作できます。構造の外観、ビューの寸法、およびコンポーネントをカスタマイズするためのすべてのオプションを利用できます。同じエクスポート オプションも模倣しています。唯一の違いは、構造のツリー ビューを作成しないことです。
RCSB の 3D ビューでタンパク質の 3D 構造を開く方法
- 以下のリンクを使用して RCSB の 3D ビューに移動します。
- 画面の左上隅にある [インポート] セクションをクリックして展開します。
- [ファイルを開く] オプションをクリックし、[ファイルを選択…] を選択します
- 開きたい分子構造ファイルを選択し、[適用] ボタンをクリックして 3D 構造を表示します。
ハイライト:
- インタラクティブ ビューア: 回転、パン、ズーム、Zo のフォーカスが可能om、および 3D 構造をクリップします。
- Activity Logger: 構造とのすべてのやり取りをタイムスタンプ付きで記録します。
- ビューのカスタマイズ: 分子モデルを更新し、 3D 表現、バウンディング ボックス、コンフォーメーションの変換などのさまざまなアクションを適用するオプションを備えた複数のビジュアル スタイルを提供します。
- スナップショット: 構造の現在の状態のワンクリック スクリーンショット オプション。
- カメラ モード: パース ビューと正投影ビューを切り替えます。
- コンポーネント: 構造内のさまざまなタイプのコンポーネントを表示/追加します。
- 測定: 構造内のさまざまなコンポーネントの測定パラメータを表示/追加します。
- アニメーション オプション: 軌跡、カメラ スピン、カメラ ロック、状態スナップショット、アセンブリの巻き戻し、スピン構造をアニメーション化します。
- エクスポート オプション: モデルのエクスポート (mmCIF)、ジオメトリのエクスポート(glb、stl、obj、usdz)、およびエクスポート アニメーション (MP4).
iCn3D 構造ビューア
iCn3D Structure Viewer は、オンラインで 3D 分子構造を開いて分析するための機能満載のビューアーです。このビューアーには、UI をシンプルかつすっきりと保ちながら、さまざまな機能が詰め込まれています。このコレクションは、シーケンス、注釈、相互作用、距離、化学結合、対称性などを含むさまざまな分析機能で構成されています。それとは別に、スタイリングとカラーリングのオプションもパックされています。o 好みに応じて外観をカスタマイズします。これは、表示だけでなく分子構造の分析にも適した 3D 分子ビューアです。
iCn3D Structure Viewer で 3D タンパク質構造を開く方法
- 以下のリンクを使用して iCn3D Structure Viewer に移動します。
- 上部のリボンから [ファイル] オプションをクリックし、[ファイルを開く] オプションを選択します。
- 次に、開きたいファイルをアップロードし、[追加] ボタンをクリックしてファイルを表示します。
ハイライト:
- インタラクティブ ビューア: 3D 構造の回転、パン、ズーム、フォーカス ズームを行うことができます。
- 分子の外観オプション: さまざまなコンポーネントのスタイルと色を変更する幅広いオプション
- 分析: 構造のさまざまな側面を分析するためのさまざまな分析オプションを提供します。
- スナップショット: 構造の現在の状態のワンクリック スクリーンショット オプション。
- エクスポート オプション: 分子構造をエクスポートします (png、pdb など)。
イエナ 3D ビューア
Jena 3D Viewer は、オンラインの 3D 分子ビューアです。このビューアを使用して、3D タンパク質構造を開くことができます。ビューアーには、分子構造を分析するための便利な機能が満載です。ローカル ファイルを開いたり、URL を介して Web から取得したりできます。画面の左側に 3D 構造をレンダリングします。レンダリング ウィンドウのサイズを変更して、3D 構造を操作できます。の上右側には、すべてのカスタマイズ オプションがあります。これには、Atom 選択、レンダリング、カラーリング、ステレオ、およびその他のオプションが含まれます。これらのオプションを簡単に構成して、構造を希望どおりにレンダリングできます。さらに、このビューアはコマンドを使用して特定のアクションを実行することもできます。たとえば、コマンドを実行して、コンポーネントを選択または表示/非表示にすることができます。
Jena 3D Viewer でタンパク質の 3D 構造を開く方法
- 以下のリンクを使用して Jena 3D ビューアを開きます。
- [ファイルを選択] オプションをクリックして展開し、分子ファイルをアップロードします。または、以下に URL を入力してクラウドからインポートしてください。
- 次にビューアのタイプを選択し、[go] ボタンをクリックしてファイルを開きます。
ハイライト:
- インタラクティブ ビューア: 3D 構造の回転、パン、ズーム、フォーカス ズーム、クリップが可能です。
- Activity Logger: 構造とのすべてのやり取りをタイムスタンプ付きで記録します。
- ビューのカスタマイズ: レンダリング、分子の色付け、背景の色付け、その他のオプション.
- スナップショット: 構造の現在の状態のワンクリック スクリーンショット オプション。
- スクリプトのサポート: コマンドを使用して、鎖や残基の選択などの特定のアクションを実行します。
Molsoft.com (PDBV)
Molsoft には Interactive PDB Fast Viewer があります。このビューアーを使用して、タンパク質の 3D 構造を開いて操作することができます。これは、ローカルにアップロードできるシンプルなビューです。分子ファイルを保存するか、Google ドライブ アカウントから取得します。ファイルをアップロードすると、構造を操作できる画面に 3D 構造がレンダリングされます。好みに応じてカスタマイズできる分子の外観オプションがいくつかあります。全体として、分子ファイルをオンラインですばやく表示するのに適したツールです。
PDB ビューアーでタンパク質の 3D 構造を開く方法
- 以下のリンクを使用して PDB ビューアーに移動します。
- ビューアの右上隅にあるハンバーガー メニューをクリックします。
- [開く] セクションで、表示するファイルに移動します。
ハイライト:
- インタラクティブ ビューア: 3D 構造の回転、パン、ズーム、フォーカス ズームを行うことができます。
- 分子の外観オプション: 表示スタイル、ラベル、測定などを変更するための複数の外観オプション
- カスタマイズ オプション: 原子タイプ、鎖、NtoC、二次構造によって構造を色付けできますure、Bfactor、Alignment など
- スナップショット: 構造の現在の状態のワンクリック スクリーンショット オプション。
- エクスポート オプション: 分子構造をエクスポートします (pdb 形式)。
RollMyFile.com
RollMyFile.com は、さまざまな種類のファイル形式をオンラインでアップロードして開くことができる無料の Web サイトです。また、さまざまな種類の分子ファイルもサポートしています。分子構造ファイルを開くと、その構造が 3D でレンダリングされます。レンダリングされた構造はインタラクティブです。ビューアは非常にシンプルで、多数の表示オプションが付属しています。これらの表示オプションを使用すると、分子構造の外観を変更できます。他と違って視聴者は、これで構造を編集することもできます。元素を選択して、その分子を構造上の任意の場所に描画するだけです。
RollMyFile.com で 3D タンパク質構造を開く方法は?
- 下記のリンクから RollMyFile の Web サイトにアクセスしてください。
- 分子ファイルをアップロードして、アップロードされるまで待ちます。
- 完了したら、[今すぐ開く] ボタンをクリックしてファイルを表示します。
ハイライト:
- インタラクティブ ビューア: 3D 構造の回転、パン、ズーム、フォーカス ズームを行うことができます。
- 分子の外観オプション: 結晶格子、球と棒、甘草、ファン デル ワールス、ワイヤーフレーム、力、メッシュ、参照軸のオーバーレイ。
- 構造の編集: 目的の結合構成を持つさまざまな元素の分子を単純に描画します。
- スナップショット: 構造のカスタム操作のビデオを録画します。